С целью систематизации и определения таксономического статуса неотропических цихлид рода Symphysodon авторы работы изучили 336 особей из 24 областей, протянувшихся на весь ареал обитания этих рыб. Для анализа вариаций использовались 13 ядерных (нуклеарных) микросателлитных маркера. С их помощью удалось собрать данные для байсовского анализа генетической структуры.

Результаты исследования продемонстрировали, что род Symphysodon состоит из 4 генетических групп: группа PURPLE (Пурпурный) – фенотипа Хеккеля и ананасовый; GREEN (Зеленый) – фенотип зеленой окраски; RED (Красный) – фенотип синей и коричневой окраски; PINK (Розовый) – популяции Шингу (Xingú) и Камета (Cametá). Хотя фенотипы синей и коричневой окраски относятся преимущественно к Красной группе, они дополняются примесями с другими биологическими группами. При этом модель окраски примесных видов отличается друг от друга. Два фенотипа характеризуются отдельными, расходящимися гаплогруппами митохондриальной ДНК, а также демонстрируют различия среды обитания (в качестве средового параметра измерялись pH и электропроводность воды).

Примечание. Микросателлиты (или простые короткие (тандемные) повторы) — варьирующие участки (локусы) в ядерной ДНК и ДНК органелл (митохондрий и пластид), состоящие из повторяющихся фрагментов длиной от 1 до 6 пар оснований. Используются как молекулярные маркеры в определении родства, принадлежности к конкретной популяции, для исследования гибридизации. Также используются для поиска паралогов. Микросателлиты характеризуются высокой скоростью изменения последовательностей, обусловленной «проскальзыванием» при репликации ДНК и точечными мутациями.

На основе проведенного исследования авторы делают вывод о том, что род Symphysodon состоит из пяти эволюционно значимых единиц: дискус Symphysodon (Геккеля и ананасовый [по-португальски Abacaxi — Абакашис] фенотип), S. aequifasciatus (коричневый фенотип), S. tarzoo (зеленый фенотип), Symphysodon sp. 1 (синий фенотип) и Symphysodon sp. 2 (группа Шингу).

В статье главы идут в следующей последовательности: Введение, обсуждение, и, для зарегистрированных читателей, результаты, материалы и методы.

Введение

Тропические регионы включают гораздо более высокое число видов, чем области полярных и умеренных широт. Причины этому явлению остаются загадкой. Бассейн реки Амазонка особенно богат на виды и, вероятно, является вместилищем самого крупного биоразнообразия наземных и водных существ.

Таксономический статус Амазонских групп ещё плохо изучен. По крайней мере, у рыб докладывалось о ряде случаев наличия гаплотипа, который делят между собой родственные виды.

Примечание. Гаплотип (сокр. от «гаплоидный генотип») — совокупность аллелей на локусах одной хромосомы, обычно наследуемых вместе. Если же при кроссинговере комбинация аллелей меняется (что происходит очень редко), говорят о возникновении нового гаплотипа. Гаплотип может быть как у одного локуса, так и у целого генома. Генотип определенных генов диплоидной особи состоит из двух гаплотипов, расположенных на двух хромосомах, полученных от матери и отца соответственно.

Этот феномен затрудняет разработку филогенетического древа, открытие и распознавание видов. В рамках рода Symphysodon проблема усугубляется тем, что его виды делят между собой также и гаплотипы митохондриальной ДНК. У представителей данного рода отсутствует полное разделение гаплотипов ядерной ДНК.

Ареалом обитания дискусов (Symphysodon) является бассейн реки Амазонка. Традиционно, в научно-популярной литературе освещаются пять специфических фенотипов, главным образом, аллопатрических групп.

Примечание. Аллопатрическими называют популяции, обитающие в разных местах. На уровень скрещивания таких популяций оказывает влияние их пространственное разобщение. В случае смежных географических рас интерградация в некоторой степени протекает непрерывно, но в случае их разобщения, скрещивание между популяциями снижается и интерградация прекращается.

К этим группам относятся: зеленый фенотип, обитающий в западной части бассейна Амазонки; синий фенотип, населяющий центральную часть бассейна; коричневый фенотип из восточной части бассейна; фенотип Геккеля из бассейнов притоков Рио-Негру и Тромбетас; и, наконец, ананасовый (Abacaxi) фенотип, обнаруживаемый в реке Абакашис. В переводе с португальского река Абакашис (Abacaxi) означает Ананасовая река. Она является темноводным притоком нижнего бассейна реки Мадейра, которая, свою очередь, приток реки Амазонка.

С момента открытия типовых видов Геккелем в 1840 году сохраняется неопределенность таксономического статуса и классификации рода Symphysodon. Исследования, освещенные в научной литературе за 2006 год, позволили выделить два вида: Symphysodon discus Геккеля, 1840 и Symphysodon aequifasciatus Пиллигрина (Pellegrin), 1904.

С другой стороны, в научно-популярной литературе выделяют четыре подвида: S. discus willischwartzi Бургесса, 1981 (ананасовый фенотип), S. discus tarzoo Лионса (Lyons), 1959 (зеленый фенотип), S. aequifasciatus haraldi Шульца, 1960 (синий фенотип) и S. aequifasciatus axelrodi Шульца, 1960 (коричневый фенотип). При этом номинальные подвиды S. discus discus Геккеля, 1840 (фенотип Геккеля) и S. aequifasciatus aequifasciatus Пиллигрина, 1904 (зеленый фенотип) редуцируются в один основной фенотип.

Недавно, Риди с коллегами [17] предположил о существовании трех видов: S. discus (фенотип Геккеля и ананасовый), S. aequifasciatus (синий и коричневый фенотип) и S. tarzoo (зеленый фенотип). Блехер [16] также ограничился тремя видами: S. discus (фенотип Геккеля и ананасовый), S. aequifasciatus (зеленый фенотип) and S. haraldi (синий и коричневый фенотип), где S. aequifasciatus и S. haraldi являются аллопатрическими, но встречаются на протяжении всего бассейна Амазонки (т.е. ареал обитания видов не пересекается на западе, в центральной и восточной частях бассейна). В свою очередь, Ферис и Хайрбик [15] сходятся на мысли, что представители рода Symphysodon, вероятно, являются биологическим комплексом, находящимся на этапе видообразования. Они также предположили о существовании дополнительной рано разошедшейся митохондриальной линии в бассейне реки Шингу.

Все озвученные работы отметили особей зеленого фенотипа в качестве монофилетической митохондриальной группы. Ферис и Хайрбик [15] также отследил монофилию линий синей фенотипа и Шингу. В трех исследованиях [15–17] наблюдаемый гаплотип делился между фенотипами Геккеля, ананасовым и коричневым фенотипами, в то время как Блехер [16] рассматривает особей коричневого фенотипа, принадлежащими к синему фенотипу, но подвергшихся интрогрессии митохондриальной ДНК от особей фенотипа Геккеля.

Примечание. Интрогрессия — приобретение генов другого вида при межвидовой гибридизации.

Включение данных о последовательности ядерной ДНК не упростило обнаружение монофилетических групп или внесло ясность в таксономию Symphysodon. Ферис и Хайрбик [15] анализировали третий экзон рекомбиназа-активирующего гена 1 (RAG1) и обнаружили крупный гаплотип, присутствующий среди всех фенотипов. Риди [17] включил в свой анализ ген родопсина, однако не обнаружил вариативности последовательности гена среди представителей рода Symphysodon.

Исследования изоферментов представителей рода Symphysodon [22, 23] не смогли определить специфические диагностические маркеры, которые позволили бы разделить виды S. discus и S. aequifasciatus. Более того, Кокоша и Гривин [23] наблюдали, что расхождение (дивергенция) внутри популяции S. aequifasciatus даже выше, чем межвидовая генетическая дивергенция между популяциями S. discus и S. aequifasciatus. Две последовательности митохондриальной ДНК аквариумных особей, рассмотренные в работах Чжана с коллегами [24, 25], также свидетельствуют о низком уровне межвидовой дивергенции по сравнению с внутрипопуляционной у вида S. aequifasciatus. В результатах изучения хромосом Гроссом с коллегами [26, 27] отмечается высокая вариативность кариотипа внутри и среди областей сбора дискусов, однако не обнаружена какая-либо общая изменчивость его между различными видами и популяциями Symphysodon.

Не смотря на все проведенные исследования, таксономия данной группы остается эфимерной. Незаменимыми в понимании эволюционного развития рода Symphysodon и определении эволюционных видов является генетическая характеристика рода и идентификация биологических популяций. Для регистрации наиболее новых эволюционных событий могут эффективно использоваться нейтральные молекулярные маркеры, обладающие высокой степенью мутаций.

Обычно для межвидовых популяционных исследований используются микросателлитные локусы. Например, у человека и мышей степень их мутации составляет от 2,5 х 10-3 [28, 29] до 5,6 х 10-3 [30] мутаций на одно поколение. Так как боковые области микросателлитов обычно консервативны среди близкородственных видов, они часто используются для межвидовых исследований и изучения комплекса видов [36–41]. Таким образом, микросателлитные маркеры пригодны для определения таксономических связей и случаев гибридизации [42–44].

Целью работы, проведенной бразильскими исследователями Амадо (Manuella Villar Amado), Фариас (Izeni P. Farias) и Хрбек (Tomas Hrbek), явилась характеристика фенотипических вариантов особей рода Symphysodon на протяжении их ареала обитания с использованием микросателлитных маркеров. Авторы изучили связь между генетическими вариантами, географическим распределением и описали виды и подвиды. Кроме того, они использовали pH и электропроводность воды в качестве переменных для оценки различий областей обитания, наблюдаемых среди фенотипов и групп. Хотя pH и электропроводность воды не являются необходимыми и первичными участниками экологического разделения видов, они отражают различия областей обитания фенотипов и могут коррелировать с другими важными переменными окружающей среды и различиями геологической истории территорий, населенных представителями рода Symphysodon.

Отлов дискусов для исследования

Из 24 областей на протяжении всего географического распределения рода Symphysodon было выловлено 336 особей. Отбирались пять известных фенотипов (Геккеля, абакаши, коричневый, зеленый и синий) по 13 особей с каждой точки вылова. Рыбок вылавливали с помощью отрезанных и погруженных ветвей на границе озер и малых рек в течение недели. Перед отловом сетями дискусам давалось время колонизировать эти места (известны как «рога» или “galhada”). Часть особей были приобретены у местных аквариумистов. Для лабораторных исследований отрезались небольшие участки хвостового стебля или левого брюшного плавника, которые помещались в 96% раствор этанола. Сами особи помещались в 10% раствор формалина и после фиксации переносились в 70% раствор формалина. Ткань хвостового стебля или плавника и образцы особей доставлялись в лабораторию Эволюции и Генетики животных Федерального университета Амазонии, Манаус, Бразилия (LEGAL).

Обсуждение

Хотя Восточно-Африканские рифтовые озера включают одно из наиболее неотразимых, недавно организованных популяций цихлид [63, 64], замкнутая среда Вест-И́ндии славится расхождением представителей рода Anolis и Eleutherodactylus [65–67], а гавань Гавайских островов является местом расхождения дрозофил (Drosophila) [68], бассейн реки Амазонка имеет наибольшее разнообразие видов в самых разных таксономических групп, которое не встречается более нигде на планете [3]. Только за последние 10 лет в Амазонке описано свыше 2000 новых видов [69]. Рейс с коллегами [5] докладывал о 4475 видах, описанных в Неотропическом регионе, и ещё 1550 видов, не получивших характеристику, он обнаружил в коллекциях ихтиологов.

Бассейн южно-американской реки также является комплексом истории, смеси геоморфологических изменений Миоцена и климатические колебаний Плио-Плейстоцена [70]. Все эти события оставили отпечаток на Амазонской ихтиофауне и на фауне и флоре региона в целом. Площадь реки очень большая, она оценивается в 6,87 км2. Вероятно, отсутствует такой вид, который распространен на всем протяжении бассейна, однако существует множество видов и комплексов видов, населяющих обширную его часть [5]. Это неизбежно приводит к длительной переписи и, во многих случаях, к крупным эффективным размерам популяции [71]. С точки зрения популяционной генетики время до видообразования, то есть реципрокная монофилия, прямо пропорционально эффективному размеру популяции (Ne), и имеет 95% возможность произойти в 2,2 Ne поколениях для митохондриальной ДНК и свыше 8,7 Ne поколениях лишь для одного локуса ядерной ДНК [72]. Принимая во внимание, что многие виды рыбы Амазонки имеют большой эффективный размер популяции, исследователи сталкиваются с дополнительными затруднениями определения видов, которые немонофилетичны, и их различения от межвидовых географических вариантов.

Распространение одного гаплотипа сравнительно распространенное явление у амазонских рыб. Примером может служить совместное ношение гаплотипа представителями родов Cichla [10, 11], Potamotrygon [12], Symphysodon [15], Serrasalmus [13] и Piaractus [14]. Гибридизация и неполная сортировка поколений объясняет подобную модель наследования. Не смотря на это, наличие межвидового общего гаплотипа затрудняет разделение видов и эволюционно значимых единиц. Традиционным критерием определения видов [73] и эволюционно значимых единиц [74] выступает монофилия. Однако данный параметр необязательное и недостаточное условие их идентификации.

пропущена часть текста: «Broadly encompassing or primary species concepts… …values were never larger than 0.04.»

Таксономия рода Symphysodon

Анализ и диагностика с использованием критерия Кренделла [61] указывает на то, что род Symphysodon состоит из 5 эволюционно значимых единиц. За всю таксономическую историю рода появилось несколько описанных видов и несколько тривиальных названий, которые вызывают путанницу. В связи с этим авторы работы провели переоценку существующей классификации.

Первым описанным видом и типовым видом рода является Symphysodon discus Heckel, 1840. Типовые образцы вылавливались около Барра до Рио Негро и представляли собой фенотип Геккеля. Symphysodon discus обитает в бассейне реки Рио Негро и Тромбетас [21]; однако, основываясь на ранних исследованиях [15, 16], S. discus также обнаруживается в бассейнах рек Намунда и Уатума. Намунда и Уатума являются двумя основными дренажными системами, располагающимися между реками Негро и Тромбетас. Все эти реки находятся на Гвианском нагорье. В 1981 году Бургесс описал подвид из реки Абакаши (Symphysodon discus willischwartzi Burgess, 1981). Анализ микросателлитов и проверка генетического и экологического взамообмена также показали принадлежность фенотипа абакаши к аналогичному таксону, что и Symphysodon discus Heckel, 1840. Это заключение поддержал Кулландер [21]. Фенотип абакаши аллопатричен фенотипу Геккеля и парапатричен коричневому фенотипу. Особи Абакаши характеризуются желтовато-красноватой окраской тела [83], которая натолкнула некоторых авторов на мысль о том, что абакаши гибрид S. discus и S. aequifasciatus [84]. Анализ ядерной ДНК особей, выловленных из типовой местности, показал практически чистый генотип S. discus, в то время как некоторые экземпляры фенотипа абакаши из Ново Арипуана демонстрируют сигнатуру геномного смешения с коричневым фенотипом. Не смотря на единичные случаи гибридизации, геномная организация фенотипа абакаши не отличается от фенотипа Геккеля. Однако митохондриальный геном фенотипа абакаши был замещен митохондриальным геномом коричневого фенотипа, вероятно путем интрогрессии и гибридизации с коричневым фенотипом. Резюмируя, фенотипы Геккеля+абакаши/эволюционно значимая единица являются Symphysodon discus.

Второй вид Symphysodon был описан как Symphysodon discus вар. aequifasciatus Pellegrin, 1904, шестью годами позднее. С целью характеристики использовалось три экземпляра, два из Тефе и один из Сантарема. В Тефе распространены особи зеленого фенотипа, а в Сантареме — коричневый фенотип. Для возведения Symphysodon discus var. aequifasciatus до уровня вида (Symphysodon aequifasciatus) Шульц использовал различия, отмеченные в изначальном описании Пиллигрина.

В 1959/1860 годах Лионс дал характеристику подвиду Symphysodon discus tarzoo, который отличался от S. aequifasciatus присутствием красных пятен на плавниках и теле. Его описание основывалось на экземплярах из Летиции, Колумбии и соответствовало характеристиках зеленого фенотипа. некоторое время спустя Шульц [18] пересмотрел род Symphysodon, отвергнув имя «tarzoo» и описав три подвида Symphysodon aequifasciatus. Исследователь описал подвиды S. aequifasciatus axelrodi (коричневый фенотип) из Билима (восточная Амазония), S. aequifasciatus haraldi (синий фенотип) из Бенжамин-Констант (западная Амазония) и S. aequifasciatus aequifasciatus (зеленый фенотип) из Тефе (западная Амазония). Однако, в действительности, ареалом обитания синего фенотипа являетсяцентральная Амазония. По этой причине Блехер [19] и Кулландер[21] усомнились в том, что типовые образцы S. aequifasciatus haraldi были выловлены Аксельродом и Шульцем в Бенжамин-Констант [18].

Недавно возникли незначительные противоречия в таксономии особей зеленого фенотипа. Клада митохондриальной ДНК [15–17] и данные анализа микросателлитов ДНК указывают на данный фенотип биологическ полностью отличен от других фенотипов.

Следуя ревизии Шульца [18], большинство авторов [20, 21, 85] не смогли распознать классификацию подгрупп Шульца. Ридли [17] на основе анализа митохондриальной ДНК и морфометрических исследовааний определил зеленый фенотип как вид, перепроверив название Symphysodon tarzoo Lyons, 1959 и создав неотип (INPA 25960). Однако Блезер с коллегами [16] отверг название S. tarzoo и отдал препочтение Symphysodon aequifasciatus Pellegrin, 1904. Эти различия в классификации зеленого таксона могут быть приписаны нескольким источникам.

Впервые, жернал, в котором была опубликована статья Лионса, датируется 1960-м годом, а не 1959 («Tropicals—Holiday Issue» — 1960, Vol. 4, no. 3). Поэтому название Symphysodon discus tarzoo, Лионса является младшим синонимом Symphysodon aequifasciatus aequifasciatus , Шульца, статья которого была опубликована в июне 1960 года в журнале «Tropical Fish Hobbyist». Однако публикация Лионса должна быть первой, потому что сам Шульц цитирует Лионса и отвергает его описание на том основании, что оно не соответствует критериям «International Code of Zoological Nomeclature» (ICZN). С другой стороны, Лионс представил диагностическе признаки рыбок и фотографии нового подвида, хотя и без типового образца, поэтому Риди с коллегами признали его описание. Блехер согласился с оценкой Шульца и добавил второй аргумент против Symphysodon tarzoo Лионса. Он заключался в неоднозначности нового видового имени. Это верно, так как описание было неоднозначное и научно строгое. Тем не менее, согласно критериям ICZN после 1999 года, оно стало удовлетворять правилам.

Затем Блехер с коллегам [16] заявил, что Пиллигрин [86], описывая Symphysodon discus var. aequifasciatus, связывает название с зеленым фенотипом, потому что два из трех типовых образцов выловлены в Тефе (область зеленого фенотипа) и лишь один бразец выловлен в Сантареме (область коричневого фенотипа). Авторы заключили, что так как Шульц ограничил S. aequifasciatus aequifasciatus зеленым фенотипом из типовой местности Тефе, не создал лектотипа, и данное название никогда не связывалось с голубым или коричневым фенотипами, название S. aequifasciatus должно приписываться только зеленому фенотипу.

Однако правила таксономии ясны в плане гомонимии (статья 23.1 в ICZN). Если Пиллигрин в 1904 году описал вариацию aequifasciatus, основываясь на двух различных фенотипах (коричневом и зеленом), которые сейчас причисляются к двум разным видам, а затем Лионс в 1959 году описал подвид tarzoo, используя особей только зеленого фенотипа, Лионс стал первым ревизионным корректором, хотя и непреднамеренно. Поэтому авторы работы, руководствуясь данным фактом, использовали название Symphysodon tarzoo Lyons, 1959 для классификации особей зеленого фенотипа/эволюционно-значимой единицы.

Третьим и четвертым биологическими видами, открытыми в рамках исследования, были дискусы коричневого и синего фенотипов. Оба из них не являются генетически чистыми. В данном контексте многие особи коричневого фенотипа смешаны с фенотипом Геккеля (Symphysodon discus) и фенотипом группы Шингу. В свою очередь у дискусов синего фенотипа отмечается помеси с зеленым фенотипом (Symphysodon tarzoo). Синий фенотип формирует отдельную кладу митохондриальной ДНК, тогда как среди особей коричневого и фенотипа Геккеля существуют некоторые гаплотипы [15]. Блехер также отмечает [16], что особи синего/коричневого фенотипов, все из восточной Амазонии, после слияния рек Негро и Солимоэс, делят гаплотипы с фенотипом Геккеля. Авторы рассматривают этих рыбок в качестве старых гибридов, либо, если быть более правильным, экземпляры синего/коричневого фенотипа с интрогрессией митохондриальной ДНК фенотипа Геккеля.

Классификация дискусов коричневого и синего фенотипов противоречива. Это обусловлено противоречиями классификации зеленого фенотипа в прошлом, тем фактом, что Риди с коллегами [17] не включал особей синего фенотипа в свой анализ, и что Блехер [16] рассматривал дискусов коричневого фенотипа, принадлежащими к синему фенотипу, митохондриальная ДНК которых подверглась интрогрессиии с фенотипом Геккеля.

В заключении хочется отметить, что род Symphysodon состоит из пяти эволюционно-значимых единиц:

---

1. Symphysodon discus Heckel, 1840 (Фенотип Геккеля и абакаши: Западный Гайанский щит — реки Негро, верхняя Уатума, Намунда и Тромбетас; Западный бразильский щит — река Абакашис и некоторые другие притоки реки Мадейра с темной водой.
Синоним: Symphysodon discus willischwartzi Burgess, 1981.
2. Symphysodon tarzoo Lyons, 1959 (Зеленый фенотип: западная Амазония — дренаж рек к западу от горного хребта «Purus Arch»).
Синоним: Symphysodon discus var. aequifasciatus Pellegrin, 1904 в прошлом; Symphysodon Discus Tarzoo Lyons, 1959; Symphysodon aequifasciatus aequifasciatus Schultz, 1960; Symphysodon aequifasciatus haraldi Schultz, 1960? (маловероятно, что Шульц указал правильно типовую местность, как Бенжамин-Констант); Symphysodon aequifasciatus in Bleher et al. [16].
3. Symphysodon aequifasciatus Pellegrin, 1904 (Коричневый фенотип — Восточная Амазония — нижнее колено реки Амазонка и притоки к востоку от рек Негро и Солимоэс).
Синоним: Symphysodon discus var. aequifasciatus Pellegrin, 1904 в прошлом; Symphysodon aequifasciatus axelrodi Schultz, 1960? (если типовой местностью действительно является нижняя часть бассейна реки Тапажос [87]); Symphysodon haraldi у Блехера [16] в прошлом.
4. Symphysodon sp. 1 (Синий фенотип — Центральная Амазония — дренаж речных систем к востоку от горного хребта «Purus Arch» и к западу от слияния Негро и Солимоэс).
Синоним: Symphysodon haraldi у Блехера [16] в прошлом; Symphysodon aequifasciatus у Риди [17] в прошлом.
5. Symphysodon sp. 2 (Группа Шингу — Восточный бразильский щит — нижняя часть рек Токантис и Шингу.

---

[user]

Продолжение. Материалы и методы исследования

Экстракция ДНК и амплификация

Нити ДНК выделялись из образцов ткани с использованием протокола с фенолом и хлороформом [45]. Для некоторых образцов применялись коммерческие наборы Genomic Prep Cells и Tissue DNA Isolation (GE Healthcare).

С целью характеристики особей Symphysodon авторы использовали 13 микросателлитных пар, разработанных Амадо с коллегами [46]. Генотипирование выполнялось на основе экономных методов Шюльке [47], в которых применяются 5′-концевой амплифицирующий праймер с последующим добавлением в реакцию генотипирования 3′-концевого флуоресцентного праймера. Данный метод позволяет наносить лишь один флуоресцентный праймер для маркирования повторяющегося микросателлитного локуса.

ПЦР реакции для всех пар праймеров выполнялась в окончательном объеме 10 мкл, содержащем 4,5 мкл ddH2O (дистиллированная дважды вода), 0,7 мкл MgCl2 (25 мМ), 0,8 мкл нуклеозидтрифосфата (dNTP) (10 мМ), 1,0 мкл 10x ПЦР буфера (100 мМ Tris-HCl, 500 мМ KCl), 0,5 мкл переднего праймера с M13(-21) 5′-концом (2,0 мкМ), 1,0 мкл противоположный праймер (2,0 мкМ), 0,5 мкл флуоресцентного M13(-21) праймера (2,0 мкМ), 0,2 мкл Taq ДНК полимеразы (5 единиц/мкл) и 1 мкл ДНК (концентрация варьирует от 50 нг до 100 нг). ПЦР реакция проводилась в два этапа, амплификации и маркирования. Для микросателлитных локусов Sd04 и Sd05 амплификация включала денатурацию в течение 60 секунд при 94°C, 25 циклов денатурации в течение 5 секунд при 93°C, гибридизацию праймера в течение 5 секунд при 65°C и удлинение праймера в течение 10 секунд при 68°C. Для микросателлитных локусов Sd08 и Sd10 амплификация включала денатурацию в течение 60 секунд при 94°C, 35 циклов денатурации в течение 20 секунд при 93°C, гибридизацию праймера в течение 20 секунд при 65°C и удлинение праймера в течение 30 секунд при 68°C. Для микросателлитных локусов Sd11, Sd12, Sd14, Sd15, Sd22, Sd23, Sd25, Sd27, и Sd30 амплификация включала денатурацию в течение 60 секунд при 94°C, 35 циклов денатурации в течение 20 секунд при 93°C, гибридизацию праймера в течение 20 секунд при 55°C и удлинение праймера в течение 30 секунд при 68°C. Этап нанесения меток включает 25 циклов денатурации в течение 5 секунд при 94°C, гибридизацию праймера в течение 10 секунд при 53°C, удлинение праймера в течение 30 секунд при 68°C и окончательное удлинение в течение 20 минут при 68°C. Для генотипирования продукты ПЦР реакции разбавлялись 10:10 до 10:50 в зависимости от используемого микросателлита. Затем 1 мкл разбавленного продукта смешивалось с 9 мкл Hi-Di формамид/ET 400 (GE Healthcare) и растворялся автоматическом секвенаторе MegaBace (GE Healthcare).

Результаты

Генетическое расхождение

Общее число аллелей, приходящихся на все локусы составило 150, в среднем 11,5 ± 9,0 на один локус. Наибольшее число аллелей наблюдалось в локусе Sd30, а наименьшее в локусе Sd10 и Sd22. Число аллелей на локус было следующим: Sd04 (9 alleles), Sd05 (10 alleles), Sd08 (10 alleles), Sd10 (5 alleles), Sd11(10 alleles), Sd12 (8 аллели), Sd14 (12 аллели), Sd15 (25 аллели), Sd22 (5 аллели), Sd23 (8 аллели), Sd25 (4 аллели), Sd27 (8 аллели), and Sd30 (36 аллели).

Наблюдаемая в эксперименте гетерозиготность варьировала от 0 до 1, в то время как ожидаемая составила 0,01-0,96. Большинство областей, где отлавливались дискусы, имели низкую гетерозиготность (0,4-0,5). К их числу относятся Демини, Ново-Айрао, Буибуи и Шингу. Четыре локуса (SD04, SD08, SD11 и SD30) не были равновесны закону Харди — Вайнберга в областях Тромбетас, тогда как SD08, SD08 и SD15 не были равновесны ему в областях Табатинга, Намунда и Тефе, соответственно.

Примечание. Равновесие Харди-Вайнберга (Hardy-Weinberg equilibrium): равновесие генотипов, достигаемое в идеальных популяциях, то есть бесконечно больших популяциях, в которых нет смешения популяций (давление миграций), отбора (давление отбора) и мутаций (давление мутаций), после не менее чем одной генерации панмиктического (случайного) скрещивания. Если два аллеля A и В встречаются с частотой р и q, соответственно, то, согласно равновесию Харди-Вайнберга, частоты встречаемости генотипов AA, AВ и ВВ будут равны квадрату р, 2pq и квадрату q, соответственно.

Генетические различия среди видов и иерархических групп

Анализ молекулярной дисперсии [52] показал, что значительная часть генетической изменчивости приходится на области отлова, чем на высокие уровни иерархии, когда они представлены видами или фенотипами. Все уровни иерархии были статистически значимы. Группировка особей, отраженная в системах классификации, состоящих из двух [21] против трех видов [17], объясняла 24,8 против 21,67% общей изменчивости. Группировка особей по шесть фенотипов [61] или по пять эволюционно значимых единиц (в данной работе) против пяти фенотипических кластеров [18, 54] объясняла более высокую изменчивость (22,42 и 22,41% против 19,54%). При сравнении шести фенотипических кластеров или пяти эволюционно значимых единиц относительная более высокая изменчивость объяснялась скорее различиями среди фенотипов, чем различиями областей отлова фенотипов. Эта специфика не встречается в других схемах составления иерархии. В целом, попарные различия между областями отлова были статистически значимы в большинстве сравнений, за исключением большинства попарных сравнений местности обитания зеленого фенотипа (Табатинга, Жутаи, Журуа, Тефе и Жапура) и синего фенотипа (Коари, Пурус, Манакапуру и Ирандуба/Мамури). Попарные различия между эволюционно значимыми единицами также были статистически значимы.

Биологические группы

Программа STRUCTURE вывела наиболее вероятное число биологических групп, составляющее четыре. Большинство особей имело коэффициент q>0,9, то есть с >90% вероятностью принадлежали определенной биологической группе. Фенотипы включали особей, принадлежащих к одному биологическому кластеру. Зеленый фенотип присутствовал в Табатинге, Жутаи и Журуа, где 100% особей имели q>0,9 и Тефе и Журу, где 88% и 84% особей, соответственно, имели q>0,9; рыбы всех пяти локаций принадлежали биологическому кластеру «Зеленый». Фенотип Геккеля и абакаши образовывал аналогичный биологический кластер («Пурпурный») и 100% особей из Буибуи, Ново-Айрао, Димини и Абакашис имели q>0,9. В Тромбетасе, где дискусы также принадлежали фенотипу Геккеля и преимущественно относились к кластеру «Пурпурный», 80% особей имели q>0,9, в то время как остальные 20% имели q>0,8. В Намунде и Ново-Арипуана некоторые дискусы имели фенотип Геккеля и абакаши. Среди них 3 из 12 и 3 из 3, соответственно, имели q>0,9. Биологический кластер «Розовый» состоял из особей, населяющих Шингу (100% дискусов имели q>0,9) и Камета (53% — q>0,9). Данный биологический кластер не был определен как отдельный таксон или фенотип в научной или научно-популярной литературе, однако его особи были отнесены Фариасом и Хрбеком [15] к отдельной кладе Шингу. Синий и коричневый фенотипы включали дискусов, чей геном преимущественно относился к биологическому кластеру «Красный». Большинство из представителей данной группы имели q>0,9, хотя значительная часть экземпляров имела низкие значения q. Низкие показатели были обусловлены смешиванием части генома с рыбами из биологического кластера «Пурпурный» (фенотип Геккеля+абакаши) и, в меньшей степени, кластером «Розовый» (группа Шингу) и «Зеленым» (зеленый фенотип). Значения популяционного уровня q представлен в таблице.

Рассматривая систематику дискусов через призму традиционной таксономии видов [21], все биологические образцы Symphysodon discus относятся к биологическому кластеру «Пурпурный», тогда как Symphysodon aequifasciatus разделяется на три биологических кластера («Красный», «Зеленый» и «Розовый»). Кластер «Зеленый» представлен особями зеленого фенотипа, населяющими западную часть бассейна Амазонки, в то время как кластер «Розовый» представлен рыбками коричневого фенотипа, обитающими в притоках Амазонки Бразильского щита (Восточная Амазонка).

Не смотря на то, что синяя группа формирует кладу с хорошо поддерживаемой матричной ДНК [15], микросателлитный профиль ядерной ДНК указывает на то, что дискусы синего и коричневого фенотипов, главным образом, принадлежат биологическому кластеру «Красный» (большинство особей имело q>0,9). Эти экземпляры наиболее смешанные, и модели смешивания между синим и коричневым фенотипом значимо отличаются.

Средовые параметры

Различия условий среды обитания фенотипов проверялись по двум критериям, pH и электропроводности. Регрессионный анализ показал статистически значимые различия pH и электропроводности воды во всех парных сравнениях, за исключением сравнения зеленого (S. tarzoo) и синего (Symphysodon sp. 1) фенотипов. Диапазоны значений pH и электропроводности по отдельности или вместе не перекрывались при сравнении дискусов Геккеля (S. discus) или других фенотипов.

[/user]

——
Manuella Villar Amado, Izeni P. Farias, Tomas Hrbek1.A Molecular Perspective on Systematics, Taxonomy and Classification Amazonian Discus Fishes of the Genus Symphysodon/ www.hindawi.com/journals/ijeb/2011/360654/

[user]

1. J. T. Weir and D. Schluter, “The latitudinal gradient in recent speciation and extinction rates of birds and mammals,” Science, vol. 315, no. 5818, pp. 1574–1576, 2007.
2. S. Wright, J. Keeling, and L. Gillman, “The road from Santa Rosalia: a faster tempo of evolution in tropical climates,” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 103, no. 20, pp. 7718–7722, 2006.
3. T. M. Lewinsohn and P. I. Prado, “How many species are there in Brazil?” Conservation Biology, vol. 19, no. 3, pp. 619–624, 2005.
4. A. H. Gentry, “Tree species richness of upper Amazonian forests,” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 85, pp. 156–159, 1988.
5. R. E. Reis, S. O. Kullander, and C. J. Ferraris, Eds., Check List of the Freshwater Fishes of South and Central America, Edipucrs, Porto Alegre, Brazil, 2003.
6. M. B. Bush, “Amazonian speciation: a necessarily complex model,” Biogeography, vol. 21, no. 1, pp. 5–17, 1994.
7. J. Haffer, “Alternative models of vertebrate speciation in Amazonia: an overview,” Biodiversity and Conservation, vol. 6, no. 3, pp. 451–476, 1997.
8. N. Hubert and J.-F. Renno, “Historical biogeography of South American freshwater fishes,” Biogeography, vol. 33, no. 8, pp. 1414–1436, 2006.
9. R. L. Mayden, “A hierarchy of species concepts: the denouement in the sage of the species problem,” in Species: The Units of Biodiversity, M. F. Claridge, H. A. Dawah, and M. R. Wilson, Eds., pp. 381–424, Chapman and Hall, New York, NY, USA, 1997.
10. S. C. Willis, M. S. Nuñes, C. G. Montaña, I. P. Farias, and N. R. Lovejoy, “Phylogeny, biogeography, and evolution of the Neotropical peacock basses Cichla (Perciformes: Cichlidae),” Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 44, no. 1, pp. 291–307, 2007.
11. S. C. Willis, M. Nunes, C. G. Montaña, I. P. Farias, G. Ortí, and N. R. Lovejoy, “The Casiquiare river acts as a corridor between the Amazonas and Orinoco river basins: biogeographic analysis of the genus Cichla,” Molecular Ecology, vol. 19, no. 5, pp. 1014–1030, 2010.
12. D. Toffoli, T. Hrbek, M. L. G. de Araújo, M. P. de Almeida, P. Charvet-Almeida, and I. P. Farias, “A test of the utility of DNA barcoding in the radiation of the freshwater stingray genus Potamotrygon (Potamotrygonidae, Myliobatiformes),” Genetics and Molecular Biology, vol. 31, no. 1, pp. 324–336, 2008.
13. N. Hubert, J. P. Torrico, F. Bonhomme, and J.-F. Renno, “Species polyphyly and mtDNA introgression among three Serrasalmus sister-species,” Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 46, no. 1, pp. 375–381, 2008.
14. G. Ortí, A. Sivasundar, K. Dietz, and M. Jégu, “Phylogeny of the Serrasalmidae (Characiformes) based on mitochondrial DNA sequences,” Genetics and Molecular Biology, vol. 31, no. 1, pp. 343–351, 2008.
15. I. P. Farias and T. Hrbek, “Patterns of diversification in the discus fishes (Symphysodon spp. Cichlidae) of the Amazon basin,” Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 49, no. 1, pp. 32–43, 2008.
16. H. Bleher, K. N. Stölting, W. Salzburger, and A. Meyer, “Revision of the genus Symphysodon Heckel, 1840 (Teleostei: Perciformes: Cichlidae) based on molecular and morphological characters,” Aqua, vol. 12, pp. 133–174, 2007.
17. J. S. Ready, E. J. G. Ferreira, and S. O. Kullander, “Discus fishes: mitochondrial DNA evidence for a phylogeographic barrier in the Amazonian genus Symphysodon (Teleostei: Cichlidae),” Fish Biology, vol. 69, pp. 200–211, 2006.
18. L. P. Schultz, “A review of the pompadour or discus fishes, genus Symphysodon of South America,” Tropical Fish Hobbyist, vol. 8, pp. 5–17, 1960.
19. H. Bleher, Bleher’s Discus, vol. 1, Aquapress Publishers, Milan, Italy, 2006.
20. S. O. Kullander, Cichlid Fishes of the Amazon River Drainage of Peru, Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden, 1986.
21. S. O. Kullander, “Eine weitere übersicht der diskusfische, gattung Symphysodon Heckel,” Die Aquarien-und Terrarienzeitschrift, vol. 1, pp. 10–16, 1996.
22. C. A. D. Silva, R. C. Lima, and A. S. Teixeira, “Isoenzyme electrophoretic patterns in discus fish (Symphysodon aequifasciatus Pellegrin, 1904 and Symphysodon discus Heckel, 1840) from the Central Amazon,” Genetics and Molecular Research, vol. 7, no. 3, pp. 791–805, 2008.
23. M. Kokoscha and H. Greven, “Gibt es nur eine art? Isoenzym-elektrophorese bei diskusfischen,” Beides im Datz-Sonderheft Diskus, vol. 1, pp. 20–21, 1996.
24. J. Zhang, J.-J. Bai, X. Ye, et al., “Taxonomy of Symphysodon based on mitochondrial D-loop gene sequences,” Journal of Shanghai Fisheries University, vol. 15, pp. 17–20, 2006.
25. J. Zhang, J. J. Bai, X. Ye, et al., “Genetic relationship of Symphysodon based on mitochondrial cytochrome b gene sequence,” Marine Fisheries, vol. 27, pp. 98–101, 2005. span>
26. M. C. Gross, E. Feldberg, D. M. Cella et al., “Intriguing evidence of translocations in Discus fish (Symphysodon, Cichlidae) and a report of the largest meiotic chromosomal chain observed in vertebrates,” Heredity, vol. 102, no. 5, pp. 435–441, 2009.
27. M. C. Gross, C. H. Schneider, G. T. Valente, J. I. R. Porto, C. Martins, and E. Feldberg, “Comparative cytogenetic analysis of the genus Symphysodon (Discus Fishes, Cichlidae): chromosomal characteristics of retrotransposons and minor ribosomal DNA,” Cytogenetic and Genome Research, vol. 127, no. 1, pp. 43–53, 2009.
28. B. Brinkmann, M. Klintschar, F. Neuhuber, J. Hühne, and B. Rolf, “Mutation rate in human microsatellites: influence of the structure and length of the tandem repeat,” American Journal of Human Genetics, vol. 62, no. 6, pp. 1408–1415, 1998.
29. A. Sajantila, M. Lukka, and A.-C. Syvänen, “Experimentally observed germline mutations at human micro- and minisatellite loci,” European Journal of Human Genetics, vol. 7, no. 2, pp. 263–266, 1999.
30. J. L. Weber and C. Wong, “Mutation of human short tandem repeats,” Human Molecular Genetics, vol. 2, no. 8, pp. 1123–1128, 1993.
31. T. Hrbek, R. A. De Brito, B. Wang, L. S. Pletscher, and J. M. Cheverud, “Genetic characterization of a new set of recombinant inbred lines (LGXSM) formed from the intercross of SM/J and LG/J inbred mouse strains,” Mammalian Genome, vol. 17, no. 5, pp. 417–429, 2006.
32. A. M. Bowcock, A. Rulz-Linares, J. Tomfohrde, E. Minch, J. R. Kidd, and L. L. Cavalli-Sforza, “High resolution of human evolutionary trees with polymorphic microsatellites,” Nature, vol. 368, no. 6470, pp. 455–457, 1994.
33. D. B. Goldstein, A. R. Linares, L. L. Cavalli-Sforza, and M. W. Feldman, “An evaluation of genetic distances for use with microsatellite loci,” Genetics, vol. 139, no. 1, pp. 463–471, 1995.
34. M. D. Shriver, L. Jin, E. Boerwinkle, R. Deka, R. E. Ferrell, and R. Chakraborty, “A novel measure of genetic distance for highly polymorphic tandem repeat loci,” Molecular Biology and Evolution, vol. 12, no. 5, pp. 914–920, 1995.
35. M. Nei and N. Takezaki, “The root of the phylogenetic tree of human populations,” Molecular Biology and Evolution, vol. 13, no. 1, pp. 170–177, 1996.
36. S. S. Moore, L. L. Sargeant, T. J. King, J. S. Mattick, M. Georges, and D. J. S. Hetzel, “The conservation of dinucleotide microsatellites among mammalian genomes allows the use of heterologous PCR primer pairs in closely related species,” Genomics, vol. 10, no. 3, pp. 654–660, 1991.
37. C. Schlötterer, B. Amos, and D. Tautz, “Conservation of polymorphic simple sequence loci in cetacean species,” Nature, vol. 353, no. 6348, pp. 63–65, 1991.
38. N. N. FitzSimmons, C. Moritz, and S. S. Moore, “Conservation and dynamics of microsatellite loci over 300 million years of marine turtle evolution,” Molecular Biology and Evolution, vol. 12, no. 3, pp. 432–440, 1995.
39. C. Rico and G. Hewitt, “470 million years of conservation of microsatellite loci among fish species,” Proceedings of the Royal Society B, vol. 263, no. 1370, pp. 549–557, 1996.
40. A. Angers and L. Bernatchez, “Usefulness of heterologous microsatellites obtained from brook charr, Salvelinus fontinalis Mitchill, in other Salvelinus species,” Molecular Ecology, vol. 5, no. 2, pp. 317–319, 1996.
41. J. S. Taylor, J. M. H. Durkin, and F. Breden, “The death of a microsatellite: a phylogenetic perspective on microsatellite interruptions,” Molecular Biology and Evolution, vol. 16, no. 4, pp. 567–572, 1999.
42. M. R. McCusker, I. G. Paterson, and P. Bentzen, “Microsatellite markers discriminate three species of North Atlantic wolffishes (Anarhichas spp.),” Fish Biology, vol. 72, no. 2, pp. 375–385, 2008.
43. K. B. Filcek, S. A. Gilmore, K. T. Scribner, and M. L. Jones, “Discriminating lamprey species using multilocus microsatellite genotypes,” North American Journal of Fisheries Management, vol. 25, no. 2, pp. 502–509, 2005.
44. P. A. Racey, E. M. Barratt, T. M. Burland et al., “Microsatellite DNA polymorphism confirms reproductive isolation and reveals differences in population genetic structure of cryptic pipistrelle bat species,” Biological Journal of the Linnean Society, vol. 90, no. 3, pp. 539–550, 2007.
45. J. Sambrook, E. F. Fritsch, and T. Maniatis, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Springs Harbor Laboratory Press, Cold Springs Harbor, NY, USA, 1989.
46. M. V. Amado, T. Hrbek, W. Gravena et al., “Isolation and characterization of microsatellite markers for the ornamental discus fish Symphysodon discus and cross-species amplification in other Heroini cichlid species,” Molecular Ecology Resources, vol. 8, no. 6, pp. 1451–1453, 2008.span class=»reflinks»>
47. M. Schuelke, “An economic method for the fluorescent labeling of PCR fragments,” Nature Biotechnology, vol. 18, no. 2, pp. 233–234, 2000.
48. R. Peakall and P. E. Smouse, “GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research,” Molecular Ecology Notes, vol. 6, no. 1, pp. 288–295, 2006.
49. L. Excoffier, G. Laval, and S. Schneider, “Arlequin ver. 3.0: an integrated software package for population genetics data analysis,” Evolution, Bioinformatics Online, vol. 1, pp. 47–50, 2005.
50. W. R. Rice, “Analyzing tables of statistical tests,” Evolution, vol. 43, pp. 223–225, 1989.
51. B. S. Weir and C. C. Cockerham, “Estimating F-statistics for the analysis of population structure,” Evolution, vol. 38, no. 6, pp. 1358–1370, 1984.
52. Y. Michalakis and L. Excoffier, “A generic estimation of population subdivision using distances between alleles with special reference for microsatellite loci,” Genetics, vol. 142, no. 3, pp. 1061–1064, 1996.
53. L. Excoffier, P. E. Smouse, and J. M. Quattro, “Analysis of molecular variance inferred from metric distances among DNA haplotypes: application to human mitochondrial DNA restriction data,” Genetics, vol. 131, no. 2, pp. 479–491, 1992.
54. W. E. Burgess, “Studies on the family cichlidae: 10. New information on the species of the genus Symphysodon with the description of a new subspecies of S. discus Heckel,” Tropical Fish Hobbyist, vol. 29, pp. 32–42, 1981.
55. J. K. Pritchard, M. Stephens, and P. Donnelly, “Inference of population structure using multilocus genotype data,” Genetics, vol. 155, no. 2, pp. 945–959, 2000.
56. D. Falush, M. Stephens, and J. K. Pritchard, “Inference of population structure using multilocus genotype data: linked loci and correlated allele frequencies,” Genetics, vol. 164, no. 4, pp. 1567–1587, 2003.
57. M. Jakobsson and N. A. Rosenberg, “CLUMPP: a cluster matching and permutation program for dealing with label switching and multimodality in analysis of population structure,” Bioinformatics, vol. 23, no. 14, pp. 1801–1806, 2007.
58. N. A. Rosenberg, “DISTRUCT: a program for the graphical display of population structure,” Molecular Ecology Notes, vol. 4, no. 1, pp. 137–138, 2004.
59. G. Evanno, S. Regnaut, and J. Goudet, “Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study,” Molecular Ecology, vol. 14, no. 8, pp. 2611–2620, 2005.
60. D. A. Earl, “Structure harvester v0.6.1.,” 2011, https://taylor0.biology.ucla.edu/struct_harvest/.
61. K. A. Crandall, O. R. R. Bininda-Emonds, G. M. Mace, and R. K. Wayne, “Considering evolutionary processes in conservation biology,” Trends in Ecology and Evolution, vol. 15, no. 7, pp. 290–295, 2000.
62. H. Sioli, “The Amazon and its main affluents: hydrography, morphology of the river courses and river types,” in The Amazon. Limnology and Landscape Ecology of a Mighty Tropical River and Its Basin, H. Sioli, Ed., pp. 127–165, Springer Verlag, New York, NY, USA, 1984.
63. E. Verheyen, W. Salzburger, J. Snoeks, and A. Meyer, “Origin of the superflock of cichlid fishes from Lake Victoria, East Africa,” Science, vol. 300, no. 5617, pp. 325–329, 2003.
64. W. Salzburger, T. Mack, E. Verheyen, and A. Meyer, “Out of Tanganyika: genesis, explosive speciation, key-innovations and phylogeography of the haplochromine cichlid fishes,” BMC Evolutionary Biology, vol. 5, 15 pages, 2005.
65. J. B. Losos, M. Leal, R. E. Glor et al., “Niche lability in the evolution of a Caribbean lizard community,” Nature, vol. 424, no. 6948, pp. 542–545, 2003.
66. J. B. Losos, T. R. Jackman, A. Larson, K. De Queiroz, and L. Rodríguez-Schettino, “Contingency and determinism in replicated adaptive radiations of island lizards,” Science, vol. 279, no. 5359, pp. 2115–2118, 1998.
67. M. P. Heinicke, W. E. Duellman, and S. B. Hedges, “Major Caribbean and Central American frog faunas originated by ancient oceanic dispersal,” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 104, no. 24, pp. 10092–10097, 2007.
68. H. L. Carson, “Evolution of Drosophila on the newer Hawaiian volcanoes,” Heredity, vol. 48, no. 1, pp. 3–25, 1982.
69. C. Thompson, Amazon Alive! A Decade of Discovery 1999–2009, WWF, Brasilia, Brazil, 2010.
70. C. Hoorn, F. P. Wesselingh, H. Ter Steege et al., “Amazonia through time: andean uplift, climate change, landscape evolution, and biodiversity,” Science, vol. 330, no. 6006, pp. 927–931, 2010.
71. M. C. F. Santos, M. L. Ruffino, and I. P. Farias, “High levels of genetic variability and panmixia of the tambaqui Colossoma macropomum (Cuvier, 1816) in the main channel of the Amazon River,” Journal of Fish Biology, vol. 71, pp. 33–44, 2007.
72. R. R. Hudson and J. A. Coyne, “Mathematical consequences of the genealogical species concept,” Evolution, vol. 56, no. 8, pp. 1557–1565, 2002.
73. D. A. Baum and M. J. Donoghue, “Choosing among alternative “phylogenetic” species concepts,” Systematic Botany, vol. 20, pp. 560–573, 1995.
74. C. Moritz, “Defining “evolutionarily significant units” for conservation,” Trends in Ecology and Evolution, vol. 9, no. 10, pp. 373–375, 1994.
75. A. R. Templeton, “The meaning of species and speciation: a genetic perspective,” in Speciation and Its Consequences, D. Otte and J. A. Endler, Eds., pp. 3–27, Sinauer Associates, Sunderland, Mass, USA, 1989.
76. M. Goulding, R. B. Barthem, and E. J. G. Ferreira, The Smithsonian Atlas of the Amazon, Smithsonian Institution Press, Washington, DC, USA, 2003.
77. T. Hrbek and A. Larson, “The evolution of diapause in the killifish family Rivulidae (Atherinomorpha, Cyprinodontiformes): a molecular phylogenetic and biogeographic perspective,” Evolution, vol. 53, no. 4, pp. 1200–1216, 1999.
78. J. G. Lundberg, “The temporal context for the diversification of neotropical fishes,” in Phylogeny and Classification of Neotropical Fishes, L. R. Malabarba, R. E. Reis, R. P. Vari, Z. M. S. Lucena, and C. A. S. Lucena, Eds., pp. 49–68, EDIPUCRS, Porto Alegre, Brazil, 1998.
79. T. Toivonen, S. Mäki, and R. Kalliola, “The riverscape of Western Amazonia—a quantitative approach to the fluvial biogeography of the region,” Journal of Biogeography, vol. 34, no. 8, pp. 1374–1387, 2007.
80. M. Barluenga and A. Meyer, “The Midas cichlid species complex: incipient sympatric speciation in Nicaraguan cichlid fishes?” Molecular Ecology, vol. 13, no. 7, pp. 2061–2076, 2004.
81. M. Barluenga, K. N. Stölting, W. Salzburger, M. Muschick, and A. Meyer, “Sympatric speciation in Nicaraguan crater lake cichlid fish,” Nature, vol. 439, no. 7077, pp. 719–723, 2006.
82. S. Roques, P. Duchesne, and L. Bernatchez, “Potential of microsatellites for individual assignment: the North Atlantic redfish (genus Sebastes) species complex as a case study,” Molecular Ecology, vol. 8, no. 10, pp. 1703–1717, 1999.
83. T. Silva and B. Kotlar, Discus, TFH Publications, Neptune, NJ, USA, 2nd edition, 1980.
84. A. I. Mazeroll and M. Weiss, “The state of confusion in discus taxonomy,” in The Cichlid Yearbook, pp. 77–83, Cichlid Press, 1995.
85. J. S. Nelson, Fishes of the World, John Wiley & Sons, New York, NY, USA, 4th edition, 2006.
86. J. Pellegrin, “Contribution à l’étude anatomique, biologique et taxinomique des poissons de la famille des cichlidés,” Memoires. Societe Zoologique de France, vol. 16, pp. 41–399, 1904.
87. H. Bleher and J. Géry, “Comments on taxonomy I. Remarks on the type localities of the species and subspecies of the genus Symphysodon Heckel,” in Bleher’s Discus, H. Bleher, Ed., vol. 1, p. 671, Aquapress, Milan, Italy, 2006.
[/user]